InDesignのスウォッチは、Illustratorのグローバルスウォッチ
InDesignでカラーリングを行うとき、[カラー]パネルでカラーを設定したら、[スウォッチに追加]を行いましょう。
InDesignのスウォッチは、そのカラーを適用したオブジェクトとリンクしているので、カラー変更が生じる場合に、一括変更が可能です。
そういう意味では、InDesignのスウォッチは、Illustratorのグローバルスウォッチにあたります。
InDesignでは[カラー]パネルは使わず、[スウォッチ]パネルのみを利用していく方が望ましいでしょう。